Можно ли заключать ДКП с юридическим лицом, которому недвижимое имущество принадлежит на праве оперативного управления?

Можно только при условии, что был проведен конкурс/акцион и покупатель этого недвижимого имущества (заемщик) является победителем конкурса/аукциона.

Правовое обоснование

Право оперативного управления имуществом, в отношении которого собственником принято решение о закреплении за унитарным предприятием или учреждением, возникает у этого предприятия или учреждения с момента передачи имущества (ст. 299 ГК РФ). Учреждение и казенное предприятие, за которыми имущество закреплено на праве оперативного управления, владеют, пользуются этим имуществом в пределах, установленных законом, в соответствии с целями своей деятельности, назначением этого имущества и, если иное не установлено законом, распоряжаются этим имуществом с согласия собственника этого имущества (ст. 296 ГК РФ).
Заключение договоров в отношении любого государственного или муниципального имущества, которое закреплено на праве оперативного управления за государственными или муниципальными бюджетными учреждениями, может быть осуществлено только по результатам проведения конкурсов или аукционов на право заключения таких договоров (ч. 3 ст. 17.1 Федерального закона от 26.07.2006 N 135-ФЗ
"О защите конкуренции").